Acemi Kaşifler: Görevimiz Kocaayak, efsanevi bir yaratığın varlığını ispat etmek için zorlu bir maceraya atılan Simon ve Nelly’nin hikayesini konu ediyor. Yerel bir üniversitede asistan olan Simon Picard, kocaayak ile ilgili araştırma yapmaktadır. Simon, kendisine kimse inanmasa da, pek çok ülkede kocaayağı andıran canavarların olduğunu düşünür ve bunu ortaya çıkarmaya karar verir. Bu süreçte bir hayırseverin desteğini alan Simon, teorilerini kanıtlamak için yola koyulmaya hazırlanır. Bu sırada Simon’ın yolu acemi bir dedektif olan Nelly Maloye ile kesişir. Hayatında bir değişiklik arayan Nelly, kocaayağın varlığını ortaya çıkarmak için Simon ile birlikte gitmeye karar verir. Bir kaşifin eski bir günlüğünü rehber alan Simon, Nelly ile birlikte dünyanın yarısını dolaşır. Sonunda kendilerini eski çağlardan kalma bir yerde bulan ikili, efsanevi yaratığın inine doğru ilerlerken, bir dizi tehlike ile karşı karşıya kalır.